Спустя 200 лет после гибели Эллен Рипли, ученые пытаются клонировать ее, чтобы извлечь из ее тела королеву Чужих. В конце концов им это удается, причем сама Эллен, которая мало интересует ученых, становится носительницей гена Чужих. Она быстро учится, обладает мгновенной реакцией и огромной физической силой, а по ее венам вместо крови течет едкая кислота. Между тем, выращенные Чужие выбираются из своих клеток, а космический корабль, реагируя на чрезвычайную ситуацию, автоматически берет курс на Землю.
Спустя 200 лет со дня гибели лейтенанта Рипли, военные ученые, в погоне за созданием совершенного оружия, возвращают ее к жизни методом клонирования. Кровь Рипли несет в себе образцы ДНК «чужих», и военные хотят заставить ее родить им ребенка – наполовину человека, наполовину «чужого». Как бы не хотела Рипли прервать этот эксперимент, детеныш появляется на свет и сразу же показывает свой кровожадный характер.
Очень быстро он превращается в огромного монстра и начинает размножаться, откладывая личинки в самых труднодоступных местах. Все это происходит на возвращающимся на Землю космическом корабле. И если корабль доберется до Земли раньше, чем будут уничтожены все твари, то под угрозой истребления оказывается население целой планеты. Теперь от того сможет ли Рипли убить всех своих отпрысков, зависит судьба миллиардов жителей Земли.